Определение октокораллов ведется по спикулам, строение которых имеет значительную изменчивость в пределах отдельных видов в зависимости от возраста, образца и экологических условий его роста (Пастернак, 1972). Система подкласса Octocorallia, с тех пор как она была предложена (Kilkenthal, 1921; Stiashy, 1940), несколько раз пересматривалась и ревизовалась (Bayer, 1961, 1981; Tixier-Durivault, 1966; Cairns, 1977) . В последних ее вариантах этот подкласс включает отрядам Protoalcyonaria, Alcyonacea, Gorgonacea, Helioporacea и Pennatulacea. В прежних системах выделяли еще отряды: Stolonifera, Telestacea. Теперь их включают в порядок Alcyonacea. В табл.11.1 приводятся списки массовых родов октокораллов, населяющих коралловые рифы. Из этой таблицы видно, что их основу составляют представители двух их отрядов — Alcyonacea и Gorgonacea. Их главное различие состоит в том, что у альционарий скелетная основа состоит только из известковых спикул, тогда как у горгонарий наряду со спикулами имеются аксиальные стержни, состоящие из горгонита-коллагена, инкрустированного известью. Промужеточное положение между этими двумя основными группами занимают склераксониевые октокораллы, выделяемые в отдельный подотряд. Они имеют подобие осевого стержня, состоящего у них из отдельных спикул, соединенных органическими волокнами (Muzik, Wainwright, 1977). Подотряд Scleraxonia относили сначала к альционариям (Goldberg, 1973), а в последнее время — к отряду Gorgonaceae (Muzik, 1981). Внеише их колонии сходны с колониями горгонарий. Геолиопоры представлены на рифах одним видом: Heliopora coerulea. Гелиопора имеет массивные колонии, сходные по внешнему виду с колониями склерактииий. Столонифера Tubipora musica также имеет массивные известковые колонии, состоящие из отдельных трубковидных кораллитов.
Интерес к изучению мягких кораллов значительно возрос к 70-х годах, когда стала ясна их важная роль в донных сообществах рифов (Loya, 1972; Rees, 1973; Kinzie, 1973; Grasshoff, 1976; Benayahu, Loya, 1976), а также благодаря открьпию присутствия в некоторых их видах в большом количестве биологически активных соединений типа терпеноидов и простагландинов (Cieresko, Karns, 1973). В результате было установлено, что мягкие кораллы процветают на большинстве рифов Карибского бассейна и на многих рифах Индо-Пацифики (Lasker, Coffroth, 1983; Benayahu, 1985). Их отличает способность успешно захватывать твердвш субстрат (Bayer, 1961; Schuhmacher, 284 1975; Endean, 1976; Nishihira, 1981; Pearson, 1981). Их способность к захвату субстрата связывают с их более быстрым ростом, благодаря чему они перерастают и затеняют многие кораллы и водоросли (Froshelson, 1973; Sheppard, 1979; Benayahu, Loya, 1976, 1981). Конкурентноспособность октокораллов обеспечивается также их способностью продуцировать токсические и аллелопатические метаболиты (Coll et al., 1982; Sammarco et al., 1983). Недавними исследованиями показано также, что некоторые альционарии (Xenia macrospiculata и Nephthea brassica) способны перемещаться по твердому субстрату, что помогает им быстро захватывать свободные его участки (Benayahu, Loya, 1981; La Barre, Coll, 1982; 1986). Это передвижение похоже на передвижение некоторых актиний. Передвижение идет следующим образом. Участок колонии прирастает к свободному субстрату на некотором расстоянии от ее "подошвы". Затем сама "подошва" отделяется от субстрата и колония оказывается прикрепленной уже в другом месте.
Среди мягких кораллов преобладают симбионтные их виды, имеющие растительные эндосимбионты в виде зооксантелл (Kinzie, 1974). В числе массовых представителей симбионтных альционарий: рода Alcyonium, Lithophyton, Lobophytom, Sarcophyton, Sinularia, Capnella, Cladiella, Lemnalia, Paralemnalia, столонифера Tubipora, роды семейства Xeniidae. Симбионтными являются также многие массовые горгонарии: Isis, Rumphella, Eunicea, Pseudopterogorgia, Plexaura, Plexaurella и коралл Heliopora. Асимбионтные альционарии и горгонарии, хотя и встречаются в освещенных зонах рифа, всё же преимущественно заселяют затененные или приглубые участки. Таковы альционарии Nephthea, Dendronephthea, столониферы Clavularia, Pashyclavalaria, горгонарии Bebryce, Acabaria, Mopsella, Corallum, Juncella.