Стоки с сельскохозяйственных угодий содержат наряду с удобрениями разные вещества, токсичные для фауны рифа: пестициды (ДДТ), полихлорфенолы, инсектициды (дельдерин, эндрин) (Lamberts, 1976). Эти вещества накапливаются в тканях рифовых организмов, в том числе в кораллах. Они токсичны для кораллов уже в концентрации 0,1 мг/л. В тканях кораллов, погибших в массе у западного побережья Панамы в период Эль-Ниню 1983 г., были найдены пестициды (Glynn, 1984). Местное население использует инсектициды в качестве ихтиоцидов для рыболовства (Endean, 1976). У побережья Австралии в лагуну Б. барьерного рифа поступает много детергентов, применяемых в сахарной промышленности. Последние убивают кораллы в концентрации всего 0,05%.
В зоне рифов построено много тепловых электростанций и опреснительных установок, обслуживающих города, туристские центры, военные базы. Они сбрасывают теплые воды, которые вызывают в летнее время гибель кораллов от перегрева в радиусе 1-2 км (Johannes, 1972; Jokiel, Coles, 1974). Особенно опасны тепловые сбросы для высокоширотных рифов, где кораллы не адаптированы к высоким температурам (Nudebecker, 1981). Теплые стоки опреснителей имеют повышенную соленость, что также угнетает роса кораллов в зонах сброса. Из систем водоснабжения и охладительных систем электростанций и с бытовыми стоками на рифы поступает также хлорамин, используемый в качестве антисептика и противообрастателя. Он токсичен для представителей донной фауны и кораллов в концентрации около 1 мг/л. Особо чувствительны к нему личинки донных беспозвоночных (Best et al., 1981). В большом количестве эти пестициды и антисептики поступают на рифы, которые находятся вблизи портов (Loya, 1976). С промстоками и шахтными водами в зону рифа попадают тяжелые металлы: медь, цинк, ртуть, олово, которые накапливаются в тканях кораллов и моллюсков (Христофорова и др., 1979; Brown, 1986; Fraisier et al., 1985). Под влиянием этих стоков кораллы если и не погибают сразу, то начинают интенсивно выделять слизь, которая стимулирует развитие бактерий, что также может приводить к их гибели (Mitchell, Chet, 1975). Тяжелые металлы, постепенно накапливаясь в тканях рыб и беспозвоночных, ослабляют и снижают иммунитет против микробных инфекций. Часто сбросные шахтные воду! содержат большое количество аммония, растворы которого используются для выщелачивания металлов из руд. Эти сбросные воду! обладают высокой токсичностью, убивая фауну рифа и стимулируя одновременно процессы евтрофирования (Carey, 1981).
В числе опасных источников антропогенного стресса — нефтяное загрязнение и добыча нефта на тропическом шельфе. Первые исследования влияния нефтяного загрязнения на кораллы выявили неожиданно высокую их толерантность. Кораллы переносили в опытах присутствие нефта в поверхностной пленке достаточно длительное время без видимых последствий и даже накапливали при этом углеводороды в жировых компонентах своей ткани. К тому же было замечено, что кораллы выживают в Персидском заливе в непосредственной близости от нефтяных терминалов. Последующие опыты показали, однако, что нефть является для кораллов сильным токсикантом, если при осушке в период отлива колония обнажается, покрываясь пленкой нефти в зоне загрязнения (Johannes et al., 1972; Loya, 1975). Длительные наблюдения последнего автора показали, что долговременное нефтяное загрязнение угнетает сообщества рифа и подавляет его способность к регенерации после естественной катастрофы — экстремально низкого отлива. Найдено, что нефтяное загрязнение подавляет репродуктивные функции кораллов и оседание личинок, а также вызывает патологические изменения тканей полипов (Peters et al., 1981) и влияет на рост колоний (Dodge et аl., 1984). Присутствие углеводородов вызывает у кораллов выброс зооксантелл и повышенную отдачу слизи. В зоне хронического нефтяного загрязнения в заливе Агаба (Красное море) у полипов кораллов отмечались редукция гонад и высокая смертность (Rinkewich, Loya, 1977, 1979). Опасное свойство нефта как загрязнителя состоит в том, что нефтяные слики, появившись в открытом океане, быстро переносятся на большие расстояния под действием ветра и выбрасываются на берега, концентрируясь в зоне рифов.
Нефтяное загрязнение рифов продолжает стремительно нарастать ввиду роста численности мелкого флота, танкерных перевозок, а также в связи с ростом добычи ее на тропическом шельфе. Кораллы вокруг буровых платформ погибают (Loya, Rinkevich, 1980; Hudson et аl., 1982). При бурении на рифы поступает отработанный глинистый раствор, который представляет большую опасность из-за своей значительной токсичности для фауны и особенно для кораллов (Thomson et аl., 1980; Szamant, Froelich, 1981; Hudson 1982; Parker et al., 1984). Он содержит нефтепродукты, феррохромы, лингасульфонаты, барит и другие токсичные вещества. Добавка его в количестве 1 мл/л вызывает у кораллов выброс зооксантелл, прекращение фотосинтеза и последующую гибель (Kendall et al., 1983).