Большая специализированная группа сверлящих губок включает преимущественно представителей сем. Clionidae, а также несколько видов родов сем. Adocidae (Siphono-dyction) и Spirastrellidae (Speciopongmella). Сверлящие виды формируют до четверти всей фаун губок на средних и верхних горизонтах рифа. Большинство из них относится к инкрустирующим формам. Массовыми являются представители родов Cliona (С. lampa, С. copiosa, С. viridis, С. aprica, С. langae, С. laticlavicola), Mycale (М. laevis). Anthosigmella (А. varians). Губки высверливают отверстия, ямки и дкгрки в живых и мертвых кораллах, в обломочном материале, в раковинах крупных моллюсков, а также в скальном флете. Среди живых кораллов нападению губок в наибольшей степени подвержены из них, которые имеют отмершие участки у основания колонии. Такова, например, Acropora cervicornis. Личинки губок оседают на такие участки и, рассверливая их, ослабляют устойчивость колоний кораллов к волнобою и течениям (Thomas, 1971; Pang, 1973). Сверлящие губки значительно ослабляют устойчивость колоний кораллов на крутых склонах, где целые массивы листовидных агариций обваливаются, будучи подточены у основания сверлящими губками (Goreau, Hartman, 1966). Отмечена видовая специализация губок — клион по отношению к отдельным видам кораллов, на которых они поселяются (Goreau, Hartman, 1963). Зараженность кораллов сверлящими губками значительно возрастает в зонах антропогенного загрязнения рифа (Rose, Risk, 1985).
Скорость сверления известкового материала губками в условиях рифа бьта определена экспериментально. Она оценивается величинами 0,25—3 кг/м2 в год (Neumann, 1966; Moore, Shedd, 1977). Линейная скорость сверлещал известняка губками варьирует в пределах 2-5 мм в год. Они сверлят ячейки или каверны 1—5 мм в диаметре. В результате сверления губки образуют характерные полусферические чешуйки известняка, которые легко различимы в составе доиных осадков рифа. Механизм сверления известняка губками весьма своеобразен (Riitzler, Riegler, 1973; Wilkinson, 1983a). Эти губки имеют специальные "скребущие" клетки, которые вооружены пседодиями, способными к химическому растворению известняка. Псевдоподии проникают в толщу известняка, как ковши экскаватора, и откладывают от него чешуйку. Сверлящие губки играют большую роль в процессах биоэрозии рифа и его роста, особенно на ранних этапах рифогенеза (Marshall, 1983). Их деятельность влияет на форму растущего рифа (Goreau, Hartman, 1963) и на продолжительность жизни колоний кораллов, даже массивных (Hudson, 1977). Однако сверлящие губки вызывают не только биоэрозию рифа, но в ряде случаев способностью формирования его скальной основы. Развиваясь в массе в местах скопления обломочного материала, они как бы цементируют их в единый массив, поверхность которого затем обрастает кораллинами и консолидируется, образуя участок скального флета (Wueff, 1984). Сверлящие губки играют большую роль в образовании донных осадков рифа. "Чипсы" губок на многих рифах формируют 20-30% всей массы кораллового песка (Hartman, 1977).
Заметную роль в процессе формирования скальных конструкций рифа играют кремневые губки-склероспонгин (Hartman, Goreau, 1970; Lang et al., 1975). Эти губки растут в тоннелях и в щелях внешнего склона рифа, а также под кораллами в зонах опор и фор-рифа. Их массивные арагонитовые основания укрепляют и цементируют щели и промоины в скальном флете, предотвращая механическую эрозию рифа. В нижних горизонтах рифа, где рост коралловых ослаблен, склероспонгии части служат главным агентом, обусловливающим наращивание скального известняка.