Подвижные низшие ракообразные представлены в донных сообществах рифа мелкими взрослыми и личиночным формами размером 0,05-3 мм, которые входят в состав мейобентоса (Thomassin et al., 1976, 1982). Среди них преобладают циклопы, гарпактиды и остракоды, а также науплиусы циклопид. В наибольшем количестве зти группы низших раков встречаются в рыхлых осадках, в обломочном материале и в зарослях макрофитов. Численность диклонид в коралловых песках барьерного рифа у Тулеара составляла 4-15 тыс./дм3 (Ориентировочная биомасса 1-5 г/м2). Численность остракод в составе мейобентоса варьировала от 40 до 400 экз/дм3. В донных осадках у о-ва Муреа численность этих рачков была почти на порядок ниже. Донные диклониды — хищники. Значительная часть их мигрирует ночью в толщу воды и питается зоопланктоном. Среди циклопид есть виды — симбионты и паразиты кораллов. Симбионты из сем. Lichomolgidae живут на поверхности колоний, питаясь слизью и зооксантеллами и выполняя отчасти роль чистильщиков. Некоторые копеподы (Anthessius, Astroxynus, Nanaspis) являются симбионтами моллюсков и иглокожих. Специализированные копеподы-паразиты Xarifa живут внутри полипов кораллов. Их конечности редуцированы, а тело имеет червеобразную форму (Patton, 1976). Копеподы Pandarus, Dentigryps, Caligus, Lepeophtheirus являются паразитами рифовых рыб. Остракод представлены в донных осадках несколькими десятками видов, относящихся преимущественно к родам Sarsiella, Codonocera, Rutiderma, Cycloleberis, Cylindroleberis, Cypridina, Xestoleberis, Pardoxostoma, Anscottiella (Hartman, 1964; Herriott, Immerman, 1979; Шорников, 1980; Jones, 1984). Эти рачки — преимущественно фитофаги и детритофаги.
Сидячие низшие ракообразные представлены усоногими раками — балянусами из отряда Cirripedia. Среди них есть обычные балянусы, которые поселяются на скальных поверхностях флета и каменистой литорали, а иногда и на панцирях черепах и на раковинах моллюсков, и сверлящие их вид (Lithotrya), которые всверливаются в известковый субстрат. Имеется также группа кораллобионтов (Smith, 1971; Patton, 1976; Галкин, 1982). Эти рачки врастают в живой коралл так, что их наружная раковина оказывается полностью скрытой в теле колонии, а на поверхности ее остается отверстие с приподнятыми краями, иногда закрываемое створками, через которое рачок фильтрует, высунув наружу свои видоизмененные грудные ноги. В их числе есть представители рода Balanus, близкие к свободно живущим балянусам (В.calidus, Kochloria floridana). Некоторые их виды (В. durhami) врастают своей раковиной в колонии живых кораллов (Мс Closkey, 1970). Основная же часть балянусов-кораллобионтов представлена специализированными видами из сем. Ру rgoma t idae, которое насчитывает около 35 видов — симбионтов кораллов. Их раковинка состоит из 4 пластинок вместо 6, иногда они редуцированы у высокоспециализированных их видов. Среди балянусов-кораллобионтов встречаются виды с разным уровнем такой специализации. Одни из них (их можно назвать комменсалами) питаются исключительно планктоном, как филттраторы. Другие утратили частично или полностью способность к фильтрации и питаются слизью и даже тканями коралла-хозяина (Hoekia).