Морские лилии входят в состав фильтрующей донной фауны рифа. На многих рифах в биотопах внешнего склона их численность достигает 50—70 экз./м2 (Macudra, Meyer, 1977). Лилии, заселяющие современные рифы, относятся к бесстебельчатым. Это свободно живущие преимущественно ночные животные. В палеозое морские лилии были сидячими фильтраторами, которые прикреплялись к субстрату с помощью стебелька. Со временем лилии, заселявшие мелководные биотопы трофической зоны, под прессом выедания утратили стебелек, получив возможность спасаться днем от этого пресса, уходя в укрытия. Вместе с тем они выработали способы расположения своих лучей и пиннул в потоке течения, которые обеспечивают им оптимальные условия пассивной фильтрации (Rutman, Finshelson, 1969; Meyer, 1979; Touahe, West, 1980; Byrne, Fontaine, 1981). Обладая способностью к активному плаванию с помощью своих подвижных лучей, лилии выходят вечером из укрытий и перемещаются в толще воды, занимая позицию, выгодную для фильтрационного питания. Они выбирают для этого участки внешнего склона, приподнятые над субстратом и максимально взаимодействующие с течением. Чаще всего они садятся на обращенной к набегающему течению стороне колонии коралла, горгонарии или на высоких губках. При этом они располагают свои лучи, с помощью которых они фильтруют взвесь и планктон, в вертикальной плоскости в виде чащи амбулякральными ножками навстречу течению. Иногда они располагают свои лучи в виде веера, развернутого поперек течения. Но в этом случае их лучи могут поворачиваться вокруг оси на 180°, обращая амбулякральные ножки навстречу течению. Расчеты показывают, что через такую "чашу" или через веер одного экземпляра лилии средних размеров при скорости течения 2 см/с будет проходить за ночь 20-40 м3 воды. Частицы детрита и планктона, проносимые течением сквозь перистый луч лилии, захватываются слизевой сетью, которую выделяют их длинные амбулякральные ножки. Собранная пища по амбулякральному каналу быстро транспортируется в рот. Скорость ее транспорта вдоль луча достигает 4-5 см/мин (Meycr, 1973; Zmarsly, Holland, 1981; Liddell, 1982). Среди лилий есть такие их вид, которые обитают в зонах повышенной седиментации и слабых течений и ориентированы на собирание оседающей взвеси. В этом случае их лучи развернуты в виде чащи в горизонтальной плоскости. Такой способ преобладает и у современных сидячих стебельковых лилий, которые обитают на глубинах более 200 м (Marcurda, Meyer, 1974). Число лучей, с помощью которых эти лилии отфильтровывают взвесь, у разных их видов варьирует от 10 (Comatula, Tropiometra, Oligometra) до 200 (Comanthus lenneti). Большинство же видов рифовьх лилий имеет от 20 до 40 лучей.
Общее число видов морских лилий на рифах Карибского бассейна — 8, на индо-тихоокеанских рифах — 280. В пределах отдельных рифовых систем оно варьирует от 4—5 на отдельных рифах Атлантики (Meyer, 1973; Macurda, Meyer, 1977; Macurda, 1982) до 14 на красноморских рифах (Finshelson, 1974) и до 20—35 видов на рифах Б. барьера Австралии или Филиппин (Marsh, Marshall, 1983; Rowe et al., 1986). Массовые их вид на рифах представлены главным образом семействами: Comasteridae (род Comanthus, Capillaster, Nemataster, Comaster, Comantheria, Comatella, Comactinia), Mariametridae (роды l.mprometra, Heterometra, Oxymetra, Decametra, Stephanometra), Antedonidae (роды Toxometra, Iridometra).
На рифах Карибского бассейна в числе массовых видов Nemataster rubiginosa, N. discoidea, N. grandis, Comactinia cchinoidea, Ctenatendon kinze (Меуеr et al., 1978). На индотихоокеанских рифах широко распространены Lampometra klunzingeri, L. palmata, Oxymetra finschi, Heterometra savignyi, Capillaster multiradiatus, Comanthus benneti, С. suavia, С. mirabillis, С. parvicirrus, Tropiometra carinata, Oligometra serripinna. Отмечена зональность в распределении отдельных видов популяций лилий. Так, на мелководьях красноморских рифов преобладают Lamprometra и Capillaster, а на внешнем склоне — Oligometra, Comataster, Colobomctra (Finchelson, 1974). Достигая значительной численности в биотопах внешнего склона многих рифов, морские лилии являются важным компонентом их бентоса. Будучи элементом биофильтра, они поставляют взвесь и остатки планктона из водной толщи в донные биотопы. Сами лилии служат пищей многим рыбам-бентофагам. Известковые скелеты лилий служат одним из существенных источников биогенного карбоната, формирующего рыхлые осадки рифа. На многих лилиях обитают разнообразные комменсалы: полихеты, офиуры, копепод, мелкие гастропод (Finshelson, 1974).