Донные биотоп формируют функциональную основу экосистемы рифа. На их долю приходится 70-90% всей ее автотрофной продукции и 60-80% всей гетеротрофной деструкции органического вещества. При этом до половины и более всего метаболизма рифа осуществляется растительными сообществами фитобентоса и донной микрофлорой. В составе фитобентоса можно выделить следующие компоненты: микрофитобентос, перифитон, талломные макрофиты, известковые водоросли, кораллины и морские травы. В состав донной микрофлоры входят: микрофлора рыхлых донных осадков, микрофлора детритных осадков, микрофлора перифитона и микрофлора, живущая в отношениях комменсализма или симбиоза с животными мейобентоса. Степень развития каждого из этих компонентов варьирует в разных зонах рифа. В данной главе мы рассматриваем сведения о составе, плотности и функциональной активности микробных и растительных сообществ рыхлых донных осадков и перифитона.