Иглокожие представлены на рифах бесстебельчатыми морскими лилиями — коматулидами, голотуриями, морскими ежами, офиурами и морскими звездами. Эти основные их группы достигают в биотопах рифа значительного видового разнообразия при проявлении эндемизма в составе их сообществ в районах отдельных и особенно изолированных рифовых систем, таких, как рифы Красного моря или Карибского бассейна (Clark, 1976). На индо-тихоокеанских рифах обитают более 1000 видов иглокожих, на рифах Западной Атлантики — около 150 видов, причем видов, общих для этих двух больших зоогеографических регионов, всего 8. Такая изолированность фаун иглокожих указанных регионов аналогична изолированности фаун обитающих в них кораллов. Эндемизм фауны иглокожих в отдельных районах выражается, в частности, и в том, что из 1027 видов, населяющих рифы индо-тихоокеанские, насчитывается всего 57 видов, заселяющих этот регион из конца в конец. В среднем в пределах отдельных рифовых систем насчитывается обычно от 20 до 150 видов иглокожих. Так, число их видов в Красном море - 48, в Карибском бассейне - около 100, на рифах Филиппин — около 190, в районе Б.барьерного рифа — около 160 (Marsh, Marashall, 1983).
Перечисленные выше группы иглокожих, исключая морских звезд, образуют на рифах и особенно в мелководных зонах лагуны, флета и внешнего склона достаточно плотные сообщества и моноспецифические популяции, являясь важнейшим элементом свободно живущего макробетоса. Велика и их функциональная роль как компонента экосистемы рифа. Они занимают все основные трофические ниши. Среди них есть фильтраторы (офиуры, морские лилии), детритофаги и грунтоеды (офиуры, голотурии), фитофаги (морские ежи) и хищники (морские звезды, а также частично ежи и офиуры).
Иглокожие играют существенную роль в регенерации биогенов (Webb et al., 1977) и оказывают существенное влияние на процессы рифогенеза. Они имеют массивный известковый скелет, составляющий до 90% массы их тела. Элементы их скелета служат важным источником поставки карбонатного материала. Выедание ежами и звездами макрофитов перифитона и спата кораллов оказывает существенное влияние на формирование сообществ кораллов, равно как и поедание самих кораллов звездами и ежами, особенно звездой Acanthaster. Голотурни-грунтоеды, пропуская через свой кишечник огромные массы кораллового песка, существенным образом влияют на формирование донных осадков и на протекающие в них продукционные процессы. Наконец, иглокожие служат источником питания для многих моллюсков и рыб, а голотурии являются одним из главных объектов промысла, ведущегося на рифах.
В настоящее время мы располагаем достаточно полной информацией в составе и структуре сообществ рифовых иглокожих, о питании и размножении некоторых их групп (Endean, 1957; Clark, Taylor, 1971; Clark, 1974; 1976; Marsh, 1974; Lisddell, 1982; Yamaguci, Lucas, 1984). Сведения об их количественном распределении весьма отрывочны. Оценка плотности популяций большинства доминирующих видов ежей, офиур, морских лилий и звезд затрудняется тем, что эти преимущественно ночные животные днем прячутся в укрытиях скального флета и трудно поддаются учету. Поэтому надежные количественные данные имеются лишь в отношении голотурий (Bakus, 1968).