Исследования структуры сообществ и их зональности были широко развернуты в послевоенное время, особенно в связи с внедрением легководолазной техники, развитием подводной фотографии и совершенствованием методологии описания естественных сообществ кораллов, их распределения на субстрате in situ и полноценного сбора образцов дня определения их видового состава. В основу этой методологии был положен метод трансект (Stoddart, 1969; Pichon, 1978). Первоначальный вариант данного метода состоял в следующем. На ходу лодки с нее сбрасывали цепь длиною 10 м. Затем аквалангисты опускались на дно и регистрировали вида кораллов, на колонии которых легла цепь (Loya, 1972, 1978). Метод трансект широко используется в разных его вариантах. Репрезентативность собранного на трансекте материала повышается при применении методов квадратов с размерами сторон от 1,5 до 3 м с жесткой рамкой (Loya, Slobodkin, 1971). К квадратам на треноге крепят фотокамеру и фотографируют площадь, занимаемую рамкой квадрата. Квадраты ставят вдоль трансекты непрерывно или с интервалами (Kenchington, 1984; Gomez, Alcala, 1984). Иногда протягивают трансекту в виде полосы, ограниченной двумя фалами, протянутыми параллельно на равном расстоянии (2-20 м) друг от друга, и учитывают кораллы в пространстве между ними (Stoddart, Johannes, 1978; Pichon, Morrisey, 1981; Sy et al., 1981; Bull, 1982).
Для обследования нижних горизонтов внешнего склона на глубинах более 50 м применялись исследовательские подводные аппараты дня одного-двух наблюдателей (Lang, 1974; Fricke, Schuhmacher, 1983; Reed, 1985). Для наблюдений за изменением сообщества кораллов во времени с целью регистрации отмирания, поселения новых колоний и их ростом используют фотограмметрический мониторинг, повторно фотографируя один и тот же участок дна с интервалами от нескольких месяцев до нескольких лет (Bak, Luckhurst, 1980; Done, 1981; Bright et al., 1984). С целью получения параметров видового разнообразия вычисляют индекс Симпсона (Dn), индекс Пилоу (Jn) индекс Шеннона. (Н'; Loya, 1972; Pichon, Morrisey, 1981). Для оценки неравномерности распределения отдельных таксонов в биотопах рифа и выявления доминирующих в них групп применяют кластерный анализ (Ott, Auclair, 1877; Done, 1982) и модельные исследования (Abel et al., 1983). Одна - из целей модельных исследований сообществ кораллов состоит в выявлении социально-экологических связей или антагонистических отношений отдельных видов или групп видов.