Как мы уже видели выше,подавляющее большинство видов склерактиниевых кораллов и более половины видов октокораллов, населяющих рифы, имеют в своих тканях растительные эндосимбионты - одноклеточные водоросли зооксантеллы. Эндосимбиоз позволяет таким симбиотическим (или герматипным) кораллам использовать в качестве источника энергии солнечную радиацию за счет фотосинтеза своих растительных симбионтов. В то же время полипы кораллов способны к гетеротрофному питанию. Вопросы автотрофного и гетеротрофного питания кораллов и сравнительное значение этих двух источников энергии в их энергетическом балансе давно уже признаны ключевыми вопросами биологии и экологии коралловых рифов (Odum, Odum, 1955, 1956). Поэтому ниже мы их рассматриваем с надлежащей полнотой.
Автотрафное питание кораллов осуществляется за счет транслокации в клетки полипов продуктов фотосинтеза, производимых их растительными эндосимбионтами — зооксантеллами. По разным оценкам, за счет этого источника питания герматипные кораллы покрывают в зависимости от световых условий своего обитания от 30 до 90% всех своих энергетических потребностей. Соотношение между продукцией фотосинтеза и тратами на обмен в суточном цикле у кораллов, заселяющих биотопы рифа с диапазоном освещенности от 100 до 10% ФАРп, в большинстве случаев превышает единицу. Ниже представлено описание методов и приводятся основные результаты измерений интенсивности фотосинтеза и дыхания у кораллов.