Из подвижных беспозвоночных для наноаквариума, в первую очередь, подходят некрупные креветки: например, танцующие креветки (Rhyncbocineles durbanensis), маленькие стенопусы (обязательно парное содержание), анемоновые креветки.
Хорошо подходят креветки-партнеры, например, сказочно красивые, карликовые виды Periclimenes или креветки-арлекины Hymenocera: эти креветки питаются морскими звездами родов Nepanthia, Asterina и Diaslerina, источником которых может быть большой рифовый аквариум.
Кроме креветок, в наноаквариуме неплохо себя чувствуют крабы-пауки Stenorbynchus, фарфоровые крабы Neopetrolisthes и многие другие крабы. Настоящей находкой для нанорифа являются маленькие крабы-отшельники (например, Clibanarius sp. или Paguristes sp.), питающиеся водорослями. Не менее ценным приобретением станут улитки-водорослееды Stomatella или Euplica versicolor; а также морские звезды родов Ascerina, Nepanthia и Diasterina.