Всем животным в наноаквариуме, как и в обыкновенной «банке», следует создать условия, в которых они будут чувствовать себя комфортно. Именно поэтому их выбор весьма ограничен, и содержание большинства известных нам организмов невозможно. Однако, как показывает следующий список, существует большое разнообразие чрезвычайно интересных организмов, которыми можно заселить мини-риф. Этот список, тем не менее, неполный, особенно по части беспозвоночных, и служит лишь руководством к действию.