То, что воду для морского аквариума нужно специально подготавливать, после описанных выше круговоротов азота и фосфора, не вызывает сомнений. Но вот какой фильтр выбрать — споры об этом не утихают среди аквариумистов до сих пор. В принципе, существуют два типа фильтрации: механическая и биологическая. Механические фильтры удаляют органические субстанции из круговорота воды прежде, чем они будут переработаны бактериями в нитрат и фосфат, или же выводят из аквариумной системы неорганические питательные вещества (например, фосфаты) без дальнейшего биологического расщепления. К механическим фильтрам относятся пеноотделители или специальные материалы, адсорбирующие фосфаты. А при биологической фильтрации органические вещества превращаются далее в органические и неорганические, которые в зависимости от технического оснащения аквариума остаются в системе в той или иной форме. Примерами биологической фильтрации могут служить оросительный (капельный), водорослевый, денитрифицирующий фильтры, «живой» песок (Deep-Sand-Bed) или система Жобера.
Оба типа фильтров обладают своими преимуществами и недостатками и, тем не менее, при соблюдении определённых условий приводят к желаемому результату. Само собой разумеется, наряду с фильтрацией регулярно производится частичная подмена воды, которая помогает снизить уровень вредных веществ.